复旦大学上海医学院国际合作与交流暨港澳台事务办公室的主要工作职能是贯彻学校国际合作与交流政策，承办协调与管理上海医学院国际合作与交流相关事务。具体工作有如下几方面：

1.制订并落实医学院国际合作与交流中长期发展规划和年度工作计划

2.利用学校各类优质国际合作交流平台，协同医学院各院系与附属医院，维护并拓展与重要战略伙伴的学术交流合作与对话沟通

3.负责医学院CMB、地高建、WHO、大学组织项目的管理与协调

4.组织推动建立重大国际科研平台，提升国际科研合作的深度与高度

5.参与规划医学院的国际形象宣传；进一步提高上海医学院在海外的知名度和影响力

6.协调医学院国际合作与交流活动，为教学、科研提供相关信息和服务